康熙三十五（公元1696）年，因行宫院在大雄宝殿东侧每日里的钟鼓声，诵经声十分喧嚣，再加上烟雾缭绕，很不利于皇帝的休息和健康，所以，寺院就将行宫院安排到了方丈院东侧。此院内北房三间，用作帝后宫，东侧耳房两间是侍侯皇后贴身宫女的住所，南侧种植着皇帝御赐的两池名贵的“金镶玉”翠竹，东房三间作为御书房，是皇帝在寺院留住期间读书和办公的地方。御书房门额上原挂有乾隆皇帝亲手书写“猗玕清净”的匾额和“石山水流动皆静，云间山出幻且宁”的对联。
　　在清朝乾隆年间，又在此院新建了一座著名的流杯亭，此亭建在原无逸殿的遗址上，正好在院落的中间，原名叫“猗玕（yigan）亭”。猗是神话中祖巫水神共工的宠物，它足智多谋，其形像狗似蛇，生活于水中，在这里是指美玉石上的水槽好似一只盛大的猗的样子，玕是珠子般的美玉。流杯亭为方形四角攒尖顶的木结构建筑，上覆绿色琉璃瓦，亭内用汉白玉石铺地，石面上有一条连续弯曲盘旋的石槽，整体构成了一幅双面兽头图案，即从南向北看像龙头面，而从北向南看却又像虎头面。此表象恰符合皇帝与大臣的君臣关系，换句话说就是“皇帝坐北朝南看着大臣个个好像虎臣、虎将，而大臣们坐在其余方向，如众星捧月围着皇帝看则是真龙天子。”水槽中的水是从亭外东侧汉白玉雕的龙头口中流出后沿石槽从东侧入亭，几经旋转之后再从西侧流出。乾隆皇帝曾多次在此暂住，期间，经常与王公大臣们围坐在亭边，将一只带有双耳的竹制酒杯盛上酒，放在流水的入口处，让酒杯随水自然漂流，如果酒杯在谁的面前倾倒或者停住，就要罚酒或赋诗。
　　流杯亭的建筑在当时是皇家所独有的，任何人都不准私自建造，即便是在皇家寺院的潭柘寺也只能建在皇帝的行宫院中。在北京众多的寺庙中，潭柘寺独享此荣，从而可见潭柘寺的地位之高。但是，若根据“观往而知来，鉴古而知今”的说法，个人认为皇帝将无逸殿改建成流杯亭无意中，就预示着清朝要逐渐走向衰败和没落了，因为“无逸”一词出自周公创作的一篇文，这篇文收录在了古典《尚书》中，该文主要讲述了周公多次告戒成王，不能贪图安逸，应当以殷商为鉴，学习周文王勤政的品质。所以，寺院原建无逸殿的本意是“警示信众严守戒律，禁止奢侈荒淫，不图安乐享受，知稼穑之艰辛”。但我转念一想，就现实而言，虽然流杯亭与无逸殿的本意相悖，但流杯亭为景区的经济发展起到了积极的作用，已成为了寺院人气最旺的聚集地之一。
　　行宫院除院内的宫室外，在山门前甬道两侧还各有配房5间，是皇帝进香礼佛、避暑小住期间，随行的文武官员在此办公、处理公务和待皇帝召见时的居所，现寺院仍称为“东朝房”和“西朝房”。
　　时间到了清光绪年间，恭亲王奕讠斤在潭戒两寺避难期间，为了讨好慈禧，出资故意将毗卢阁房脊后侧的“龙凤呈祥”图案颠倒，还特意把“行宫院”中的“万岁宫”与“帝后宫”调换前后位置。即将原“万岁宫”在前改为“娘娘殿”（专供天仙圣母碧霞元君），并将原“帝后宫”在后变成了“乾隆宝座”，自然形成了“阴在前，阳在后”有违常理的现象，但此现象也是潭柘寺所独有的。
　　乾隆皇帝曾多次莅临寺院，现行宫院内的“乾隆宝座”殿上，还放着一木雕宝座，宝座上坐着乾隆皇帝和站立在他面前及左右的侍从、太监等众人的蜡像，此画面非常珍贵，这是乾隆皇帝第6次驾临寺院时的情景。除此之外，他还发现了一处观赏行宫院风景的最佳位置，即从院内御书房前的廊下抬眼望去红柱绿顶的流杯亭、黄竿绿叶的龙须竹（即“金镶玉”翠竹），苍翠遒劲的双凤舞塔松和碧雪洁白的金刚延寿塔都依次排列在了一条直线上，但又层层升高，互不遮挡，自然形成了“一目四景”的景观。
　　此行宫院虽然规模较小，但是，各宫室之间既是整体又是相对独立的个体，在不大的空间里造就了众多各异的建筑形式，处处显示了小中见大的造园手法。院内不仅大树参天、竹影婆娑、古朴清幽，而且还具有造景自然、构思巧妙、湖石奇绝、明媚秀丽的特点。总之，行宫院的玲珑精致，恰到好处地做到了“虽由人作，宛如天开”的境界。