农村集体经营性建设用地入市，需要依据帕累托最优原则的基础上，充分遵循市场规律，寻求政府与市场平衡稳定。在农村集体经营建设用地入市不断实践中，各地注重保护相关利益主体的合法权益，取得了一定成效。但是，从其实践来看，农地入市盲目冒进的少，举步维艰的多。由此看来，农村集体经营性建设用地入市还有一些深层次的问题有待解决。
（一）土地产权制度不明晰
　　土地产权不明晰是集体经营性建设用地入市的一个隐患。“集体所有”在现有法律框架下无法形成独立自主的产权交易主体，所有权主体的不明确弱化了农民主体地位，无法保护农民的利益，更不利于土地的集约利用。在市场机制完善的环境中，由于产权的制约，竞争得不到完全充分的发挥，就会减缓入市的效率。
（二）相关配套法律不健全
我国现行的土地管理制度中，集体经营性建设用地入市的法律保障尚不尽完善。相关立法上未有明确的法律规定，缺少有效监管措施和办法，致使入市过程存在巨大的法律风险，一旦发生纠纷，集体建设用地所属集体的权益难以得到有效保护。农村集体经营性建设用地入市的法律体系缺失，对入市形成难以逾越的法律障碍。譬如，2015年全国33个试点县级行政区域，拟暂时停止《土地管理法》等关于集体建设用地使用权不得出让的规定，允许农村集体经营性建设用地入市，这种“允许地方依法试点”的做法有所进步，但是从“试点到立法”的改革模式有待进一步完善，国家需要在立法上跟进市场的发展。
（三）土地收益分配体系尚待完善
　　我国始终未能建立一套完整、合理、科学的集体建设用地收益分配体系。如何在相关的各级政府、集体经济组织和农民几个利益主体之间进行合理的收益分配，是一个尚未明确的问题，现有的分配办法各地不尽相同，甚至同一地方也因不同情况而有所区别。在实践过程中，农村集体建设用地入市时，如果农民保有了土地所有权，其利益也能够得到较好地保障。但在有些地方行政力量以及农村基层组织力量的介入，使得农民的意愿可能得不到有效的尊重，政府、集体经济组织、农民各方利益主体在收益分配过程中也难以取得协调。
（四）土地管理行政性垄断
　　我国行政化的土地管理模式，致使建设用地指标的管理偏于集权化，政府的行政性垄断明显。用地指标按计划模式从中央层层分解下达，指标分配主要基于区域间的政治平衡，并非土地高效利用，从而减缓入市效率。我国一直以来的改革当中，政府的土地管理部门同时具有土地所有者和管理者的双重身份，将经营土地的收入用于地方建设。故如果允许集体建设用地进入市场，政府可卖的土地将变少，政府收益随之减少。并且建设用地指标跨区交易会弱化政府对于用地指标的配置权，损害相关部门的部门利益。在现行财税体制下，不转变政府管理土地的职能，创新政府管理模式，集体经营性建设用地入市就很难落实。