为避免出现一系列违背改革意愿的问题，化解农村集体经营性建设用地入市的潜在风险。既要消除农地入市的障碍，又要打击为谋求经济利益破坏农村耕地，变相实现农地入市的问题，还要跳出地域以更开阔的视野权衡各方利益关系。即：农村集体经营性建设用地入市务必做好配套改革，健全市场交易规则，完善入市各个环节。
（一）改进入市基础制度
　　农村集体经营性建设用地入市受到基础制度的制约，进一步推行试点改革的同时，需要对土地产权以及土地征收制度等加以改进。具体而言即设置土地发展权跨区交易市场机制，以及通过土地重划来完善土地征收制度。通过赋予农民土地发展权，并在土地发展权转移过程中进一步推广市场化交易，优化我国农村土地产权结构。国家不经营土地发展权，但可以建立土地发展权区内转移和跨区交易的市场机制，可以通过申请规划许可来实现土地发展权在土地分区管制的基础上进行转移。实现区内转移和跨区交易，既可保证农民获取土地发展权的可能性，又保障了国家对于土地发展权的宏观调控作用。
（二）加强相关法制法规保障
　　农村集体经营性建设用地入市必须坚持依法改革。要推动农村集体经营性建设用地入市，必须突破现行法律的规定，并制定相关的法律或者行政法规。例如：《土地管理法》第四十三条：任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；第六十三条规定：农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。以法律规范的形式明确集体经营性建设用地土地产权，进入市场流转的条件、范围、合法形式以及程序，将入市逐步引向科学化、规范化、法制化轨道，形成完整的管理和调控体系。
（三）优化调整现有财税体制
　　土地制度改革属于综合性改革，必须整体把握、协同推进。政府的相关部门不再经营土地，意味着政府没有土地出让收入，故地方建设所需资金可通过深化配套的财税体制改加以解决。国家辅以通过税收进行收益调节的方式，对规划为建设用地的所有权人增收土地增值税。在土地增值收益管理时，对农村集体经营性建设用地的补偿原则是至少不能使被征地农民的福利水平比征地前下降，从而补偿农民的土地权益。收益分配涉及政府、集体经济组织和农民个人三方之间的利益协调，在保护农民利益的同时，政府、集体的利益也应受到保障。通过征收相关土地开发税收，以及土地市场化交易所带来的财政收入，使地方政府在短期内获得收入弥补其财政损失。
（四）打破土地管理的垄断性
　　实践证明，市场化的建设指标交易体系能更有效地配置土地这种稀缺的资源。打破垄断性的土地管理，需要政府职能的转变，将政府与市场的职能分权，即进一步入市过程中应实施把土地所有者与管理者分开的改革。政府的相关部门需要权力下放，不再经营土地，而是集中精力进行总体管控。同时在相关行政权力的监督下，构建新的政府部门参与市场其中，与其他市场主体平等竞争。
　　规范我国现行征地制度。尊重市场规律，确定合理的征地补偿标准，合理确定征地区内土地价值，维护被征地农民的合法权益；提高土地征用透明度，增加群众的知情权和参与权；严格界定“公共利益”范围，组织编写“征地目录大纲”，设立审核机构，更多地体现价值补偿思路。
（五）构建“电商”服务平台
　　为使农村集体经营性建设用地市场交易环境更加公开、透明，加快入市的市场化、规模化与信息化，可通过“电商”服务平台，将供给方发布的土地信息进行汇总整理，成立类似的土地入市交易中心，在政府部门的政策支持和监督指导下，为入市提供信息传递、中介服务和监督管理等服务交易平台。对于交易进的汇集和发布提供一个有效载体，为入市提供一个公开透明的市场平台，实现多方利益主体的公平交易。
　　此外，紧紧抓住农村集体经营性建设用地入市有两个前提条件：符合规划、用途管制。在农地入市前，必须事前界定入市土地身份是否符合规划、用途管制。农地入市还要跳出区域，考虑城乡建设性用地同价同权产生的大中小城市周边的农村土地价格悬殊现象，设计一套财税政策平衡不同区域的收入分配差异。